イベリアには元々海がありました。'静寂'という災害が、その海水をまるごと奪い去るまでは。
今残っているのは、一面の白い塩と骨だけの砂漠です。そしてその下では、人間だったものと獣だったものの境界が曖昧になった何かが、いまだに泳いでいます。
この砂漠で、海賊に捕まった放浪の剣士がいます。何一つ望んだことがないという彼が、この物語の最後にはたった一つだけ、切実に望むようになります。
1. 脱出失敗、通算n回目
イシドロは海賊船団のキャプテンフアナに捕らえられています。テント床にこっそり穴を掘って逃げようとしますが、フアナはその都度いとも簡単に彼を捕まえて連れ戻します。
船団にはシェフのハビエル、甲板長のティーチ、そしてフアナが拾ってきた正体不明の生き物'ネネ'がいます。みんなイシドロのことをただ'小僧'と呼びます。
ある船員が'頭のおかしい婆さん'とフアナの悪口を言うと、ハビエルはその場で首を絞めて黙らせます。母を失った幼いハビエルをフアナが引き取って育てたことを、イシドロは後になって知ります。
そんなにここを出たいなら、コンパスを直しなさい。
— フアナ
イシドロが持っていた古い金貨が発端でした。フアナはその金貨が、とうに姿を消した錬金術の一派の証だと一目で見抜いたのです。
イシドロは自分は錬金術など知らないと言い張ります。しかし毎晩見る夢では、幼い頃、ある男が湖畔で彼に泳ぎ方と錬金術を一緒に教えているのです。

2. 半月前、剣術を学びに来て怪物に噛まれる
時を巻き戻すと、イシドロは実はロドス・アイランドのオペレーター'ソーンズ'です。仲間からの連絡も無視して、'荒波にも立ち向かえる'という伝説の剣術を求め、一人イベリアを放浪していました。
地図にも載っていない'蒼白の海'の近くで、彼は巨大な塩鱗にそのままぶつかられます。気を失った彼を見つけたのは、死体を漁るのが好きな怪盗少女パスクアラでした。
パスクアラがイシドロのポケットからくすねた物のせいで、イベリア法廷の新任執行官アナスタシオが彼女の喉に刃を突きつけます。ようやく目を覚ましたイシドロが、折れた剣を手に割って入り、彼女を救います。
村ではアナスタシオは、誰もが握手して挨拶するほど信望の厚い人物です。傷を癒やし、優しく布教する彼に、村人たちは心から感謝しています。
追われる二人は、ちょうど通りかかった塩鱗の背に乗ってアロン村へ逃げ込みます。村人たちは'エーギル人'と呼ばれるイシドロを見ても、ただ怯えた顔で窓を閉め切るだけでした。
村のある老人が、その剣術を編み出した者は半年前に静かに戻ってきて亡くなったのだと教えてくれます。遺言が気になるなら墓でも掘ってみろと、冗談とも言えない冗談を残して。
3. 墓荒らしになったら、実は有名人だった
剣術の伝承者の遺言が気になったイシドロは墓を掘り返し、見事に見つかります。村の審査官シルバーは、パスクアラともども彼を絞首刑にしようとします。
右手と左手、どっちを残しておきたい? 選べ。
— ハビエル
処刑台に上がった瞬間、ハビエルが海賊たちを率いて襲撃し、二人を救い出します。崖から飛び降り、パラシュートのように広がったフアナの塩船の帆に着地して初めて、イシドロは再び海賊船の身の上に戻るのでした。
一方、村ではロドス・アイランドのオペレーターエリジウムとウィーディが、失踪した'ソーンズ'を探しています。シルバーは二人に、彼が強盗と手を組んで村人の死体を盗んだのだと、それとなく脅しをかけます。
村の外の旗竿に吊るされた強盗たちの遺体を見たエリジウムは、しばし言葉を失います。強盗の巣に残っても死に、村へ戻っても強盗扱いされて死ぬのだと悟り、結局一人で塩の砂漠へ飛び込みます。
4. 錬金術師として雇われる、助手は泥棒と親友
フアナは、イシドロが持つ古い金貨と剣術が、かつての弟子'アウルス'によく似ていると確信します。結局イシドロは船団の艦上錬金工房を任されることになります。
ちょうど村に潜入していたエリジウムが訪ねてきて再会します。二人はお互いを'ブラザー'と呼び合う仲でした。パスクアラは自分の代わりに、部下の'赤毛'を助手として送り込みます。
お前の指が探針の針みたいに細ければ、役に立つんだがな。
— イシドロ
実は甲板長のルースがこっそり頼み事をします。錬金術をやるときはほどよく騒ぎを起こして、失敗したふりをしてフアナを諦めさせてほしいと。
イシドロは答えませんが、表情が複雑になります。逃げずにここに残ることを選んだ理由を、彼自身もまだよく分かっていないのです。

5. 塩鱗狩り、そして誰も見ていないキャプテンの傷
船団史上最大の塩鱗が発見されます。フアナは自ら船を降りて狩りを指揮すると言って聞きません。
甲板長のルースは、最初からこの狩りに胸騒ぎを覚えていました。これほど大きな塩鱗は群れを率いる主だけのはずで、単独で現れたこと自体が不吉な兆しだと警告します。
塩鱗は死ぬ間際に暴走し、フアナを背に乗せたまま遠くへ走り去ります。みな彼女は死んだと思いますが、翌日、肋骨を折ったまま平然と戻ってきます。
最近、船員たちがみんな不安がってる。船員たちに弱った姿は見せられない。
— フアナ

帰り道、シルバーとアナスタシオが率いる法廷の兵力が待ち伏せていました。狩ってきた塩鱗を奪われまいと乱闘になり、ハビエルは法廷側に付くことを拒みます。
船員たちの間には古い噂が一つあります。フアナは昔、海の怪物と取引をして、その代償に長い寿命を得たという、みな半分は信じたくない話です。
6. シーボーン、そして百年越しの別れ
フアナはイシドロを洞窟へ連れて行き、これまで隠していた真実を一つ見せます。
洞窟の中に閉じ込められたシーボーンは、実はフアナのかつての船長であり恋人だった'クルス'です。百年前、他のシーボーンたちと戦った末に自らここに閉じこもり、フアナは彼を殺せないまま、今まで一人で閉じ込めていたのでした。
フアナはイシドロに剣術を完成させ、その代わりに彼を名誉ある決闘で終わらせてほしいと頼みます。イシドロはその頼みを聞きながら、関係の終わりは結局互いを飲み込むだけだと信じていた自分の昔の恐れを思い出します。
結局イシドロはその頼みを聞き入れ、クルスの剣を形見として渡します。
あなたの魂が塩の砂漠から解き放たれ、雲と雨に乗って海へ帰りますように。さようなら、愛しい人。
— フアナ
7. 信じていた副官が、刃を向ける
コンパスの修理が長引くと、ハビエル一派はついにパスクアラを法廷に突き出そうとします。慌てたパスクアラはみなを引き止め、あと一週間だけ待ってほしいと説得します。
コンパスがあるのに、なんで先祖たちみたいに大博打を狙わないの? あんたたちは自分を海賊だって名乗ってるくせに、海を見たことすらないじゃない!
— パスクアラ
約束の一週間が過ぎても、コンパスの修理は成功しません。実はイシドロは、本物を壊してしまうのを恐れて、わざと複製ばかり作っては失敗していたのでした。
たとえ成功の確率が万分の一だったとしても、私はその一度の機会にすべてを賭けただろう。
— フアナ
失敗の報せを聞いたハビエルは、ついに一線を越えます。法廷にコンパスと船団の位置を渡す代わりに、フアナだけは解放するという条件で取引します。

ところがアナスタシオには、最初から約束を守るつもりなどありませんでした。交渉が終わる前に船団を襲撃して船を焼き、フアナを捕らえます。塩の砂漠の向こうで炎を見たイシドロは、迷わず引き返します。
8. 凍りついた幽霊船、そして二度目の機会
戻ってきたイシドロ、ティーチ、エリジウムはフアナを救い出し、百年物の古い船'征服宣言号'で脱出します。水も食料も尽き、みな一枚の毛布に体を押し込んで夜をしのぎます。
そんな最中でも、イシドロは再びコンパスの修理に取りかかります。フアナはそんな彼に、初めて本物の海の話を聞かせ、一緒に行かないかと尋ねます。
ハビエルとルースは裏切りの代償として、法廷に協力し、負傷した宣教師たちの世話をする身になります。シェフだったハビエルは、もう何も料理したくないと言って、厨房にすら近づきません。
一方村では、部下に裏切られて死んだはずのシルバーが、なぜか再び歩いて出てきます。法廷の協力者にしてくれたアナスタシオに感謝の言葉を伝えながら、シルバーは自分なりの野心をそっと覗かせます。

エリジウムはこっそり村を回り、通信機やビタミン、防水靴といった物を一つずつ集めていきます。当のイシドロには何も言わず、ただ一つの鞄にこっそり詰め込んでいくだけでした。
9. 髑髏の峡谷、自らを裁く男
征服宣言号は法廷の追跡を逃れ、誰も生きて出たことがないという'髑髏の峡谷'へ飛び込みます。フアナが命がけで舵を取る間、イシドロは船内でコンパスを直し終えようとします。

ハンドキャノンの榴弾で錬金装置が暴走し、イシドロは素手でコラソニクスを掴みます。その瞬間からコンパスは彼の腕にこびりつき、彼の肉と血の一部になってしまいます。
峡谷の中、傷ついたティーチを背負って逃げていたパスクアラは、結局追っ手の前に一人取り残されます。'ただのこそ泥'と後ろ指を差されていた彼女が、今度は自ら剣を取って立ち向かいます。

峡谷の真ん中で、アナスタシオが再び現れ、最後の決闘を仕掛けます。彼はイシドロに問います。お前の欲望はいったい何なのか、それが分かって初めて正気を保ったまま抵抗して死ねるのだと。
認めるよ。俺は海に出たい。この目で海を見て、自分の手でその海を征服したい。
— イシドロ

一方、船の上ではフアナとハビエルの最後の決闘が行われます。敗北を認めたハビエルは殺してくれと乞いますが、フアナはただ笑って、おめでとうという言葉だけを残し、彼を生かして送り出します。
その後、それぞれの海へ
ハビエルとルースは残った塩船を売り払って船員たちに分け与え、それぞれ新しい人生を求めて散っていきます。ハビエルはどこかで食堂を開くと言い、ルースは初めて自分の進む道を自分で考えてみることにします。
パスクアラは大金を手にし、コロンビア行きの一攫千金を夢見る見知らぬ人々の間にこっそり紛れ込みます。
エリジウムとウィーディはロドス・アイランドへ戻ります。ただしウィーディは征服宣言号の構造に心惹かれ、少しの間残って修理を手伝うことにします。

征服宣言号は、イシドロを新たな船長に、フアナを副長として、再び帆を上げます。腕にこびりついたコンパスが指す方角へ向かって、船員たちはついに本物の海へと出航します。
あの遠い場所のために。
— イシドロ
その時、死んだとばかり思われていたネネが、遅れて泳いできて船に上がります。フアナは頬を舐め回すネネを抱きしめ、みんなで一緒に行けるようになったと喜びます。
そして塩の砂漠の向こうでは、首を刎ねられたアナスタシオの残骸が、いまだにうごめいています。生きたいという欲望だけが残ったそれは、シーボーンの残骸と絡み合ったまま、永遠に大地をさまよい続けるでしょう。
かつて海だった土地で、誰かは今もなお何も望まないよう身をよじっています。そして誰かは、初めて何かを切実に望みながら、水平線へと進んでいきます。