作物は種から育つものだけど、「私たち」は何から育ったの? 私たちはどこから来たの? 死んだらどこへ行くの?
— 子供の声
私たちは大地から育ったのよ。死んだらまた大地に還る。人であれ植物であれ、すべてが循環の一部なの。
— 優しい女性
大荒城は炎国の北の果て、源石汚染がとりわけ少ない貴重な土地です。人々はここを炎国随一の穀倉地帯へと育て上げ、毎年夏の収穫期には、この地を初めて開墾したという「神農」を称える祭りを開いています。
伝説によれば、神農は千年前に新しい種を求めて北へ旅立ち、二度と戻らなかったといいます。それでも収穫期になるたび、天から降りてきてその年の農作物を見守っているのだと語り継がれてきました。もっとも、みんなただの昔話だと思っていますが。
ところが今回大荒城へやってきた司世台の持燭人、ズオ・ラウは、神農が実在の人物だったという記録を偶然読んでしまいます。そしてその記録の中の人物の眼差しが、毎日自分のそばで田んぼに水をやる優しい天使と、どうしても重なって見えることにも気づいてしまうのでした。
1. 左遷坊ちゃん、到着早々ご飯をたかられ、あだ名を奪われる

父・ズオ・シュエンリャオにこっぴどく叱られたズオ・ラウは、玉門での過ちの罰として大荒城への派遣を命じられます。反省文の代わりに与えられた任務は、まさかの「春の田植え」でした。
到着するなり田んぼでぼんやり突っ立っているだけのズオ・ラウを、家畜と気兼ねなく話す明るい少女シャオマンは、ご飯も食べないかかしのように扱います。弁当を押し付けながら。
田畑の世話をする優しい天使シュウは彼をホーシェンに紹介し、ズオ・ラウのあだ名はあっという間に「灯台くん」で定着してしまいます。持燭人(持燭人)が「蝋燭を持つ者」という意味だと知ったシャオマンの命名でした。そばに仕える従者ユンチンピンは体が弱く、武芸の代わりに記録係の修行を積んだ人物で、みんなから「筆くん」と呼ばれています。
ある夜、4人は蛍を追いかけているうちに流れ星を目にします。シャオマンは、星が落ちた場所には豊作が訪れるという言い伝えを本気で信じており、みんなでその場所を探しに行こうとせがみます。

たとえ見つからなくても探し続けるわ、おじいちゃんおばあちゃんになるまでね。
— シャオマン
2. 神農は神話の中の人物? いいえ、実はただのお隣さんの天使でした
神農祭の日、ズオ・ラウは演劇《争天詩》を観ながら、田んぼで生まれたという伝説を持つ農業天使ホーシェンから神農の伝説を聞きます。天災で廃墟となった土地を取り戻し、新しい種を求めて旅立ったきり戻らなかった人物の話でした。
ところが資料を調べていたズオ・ラウは、ぞっとする事実を発見します。二十四節気を定め、大飢饉のときに現れて千年居座ったというその「神農」の座に、なぜかシュウの顔が重なって見えるのです。

この3人が昼も夜も築いているのは、大荒城をまるごと守り抜くための移動要塞、「五星十二楼」です。天災と戦争の両方に備えよという朝廷からの督促のせいで、工期は常にぎりぎりです。
一方シュウは、夜になるとこっそり川辺へ出かけていきます。誰も近づこうとしない「口のきけないおじさん」にご飯を運びながら、シャオマンにはただの病人だとだけ伝えているのでした。
3. 祭りの真っ只中、本物の雷が落ちる

神農祭がたけなわの中、突然の豪雨とともにダムが決壊します。源石の破片が混ざった泥水が田畑へなだれ込んでいきます。
ホーシェンは、まだ完成していない移動セクターを自ら動かして水路を変えようと提案します。無理だと言う土木天使たちを押し切って。
何をぼんやり突っ立っているんですか! 早く操作してください!
— ホーシェン
結局、水は引き人々は無事でした。しかしその夜、川辺でひとり倒れていた人がいたことを、誰も知りませんでした。シュウでした。
4. 怪しい旅人が少女に願いを売る
洪水が去った跡地、田んぼで昼寝していた一人の浮浪者がシャオマンたちの前に現れます。自分は商人だと名乗り、何でも売るし何でも買うと言うのです。
シャオマンが冗談交じりに投げかけた願い——大荒城が毎年豊作でありますように——という言葉に、彼はシャオマンの歌一曲を代価として受け取っていきます。彼の名はジー。シュウの弟でした。

ホーシェンは彼をただ怪しむだけですが、ズオ・ラウは一目で見抜きます。司世台が長年監視してきた要注意の代理人だということを。
5. 誰も死んでいないのに、真っ赤に染まった一株の稲
洪水の後、廃墟となった田んぼの真ん中で、シャオマンは血のように真っ赤な稲を一株見つけます。周りの稲はみな倒れているのに、それだけがまっすぐ立っており、近くを飛ぶバードンビーストまで真っ赤に染まっています。

天使部の学生のひとりが、こっそりこの稲を集めてほしいと頼みますが、何に使うのかは頑なに口を閉ざします。その頃ホーシェンは幻覚の中で、一生農業をしても種一粒すら収穫できない年老いた農夫と、川向こうの木にかけられた数え切れないほどの名札を目にします。
代わりにシュウは昔話を聞かせてくれます。かつて共に大荒城を開拓した仲間がいて、その人は天災の中、自分の身代わりとして北へ旅立ったのだと。
結局、私たちはこのすべてを守れなかった。
— シュウ
6. 神様は、実は疲れ果てていました
ジーはシュウのもとへ何度も通ってきます。もうこの重すぎる土地を離れよう、ニェンが作っている「心臓」に命を預けるなんてあまりに危険な取引だと。
シュウはそのたびに断ります。しかしジーが去ったあとひとりになると、シュウの表情から笑みが消えます。千年もの間、この土地の天災を誰よりも先に自分の身で感じ取ってきた人だったのですから。
ズオ・ラウは、ジーがふと漏らした一言を聞き逃しません。ここ3か月の間に、天機閣でどれほど多くの天使が死んだか知っているのか、という言葉でした。兄弟姉妹の間では、ずっと昔から一度も顔を見せない次男、「碁打ち」と呼ばれる存在についての噂も、しきりに漏れ聞こえてきます。
7. 野心家の侍郎、天災と手を組む
五星十二楼の工事を任された若き侍郎、万侍郎は出世欲の強い人物でした。礼部から派遣されたライバルリンスーチュウには常に対抗心をむき出しにする一方、工期だけは命を懸けて守り抜こうとしていました。
そんな彼の前にジーが現れ、物資を融通する見返りに取引を持ちかけます。万侍郎は言い逃れをするどころか、喜んで応じてしまいます。
驚くことはありません。私は万侍郎が一介の書生から二品にまで上り詰めたことを存じております。
— ジー
結局、コアが暴走した日、制御不能となった装置をひとりで食い止めようと名乗り出たのも万侍郎でした。生涯で最も嫌いな言葉が「制御を離れる」だったという、その意地ひとつのために。
互いに牙をむき合ってきたライバルでしたが、リンスーチュウはその死さえ利用されるのを見過ごせませんでした。
8. 赤い夕焼けが昇り、世界がひっくり返る

コアのエネルギーが突然暴走し、地中から得体の知れない怪物たちが次々と湧き出てきます。ジーがニェンとシーを脅して無理やり「心臓」を稼働させた結果でした。
怪物の正体は天災が生み出した恐怖そのもの——人が恐れれば恐れるほど強くなる存在です。ホーシェンとズオ・ラウは逃げる代わりに、人々を集めて共に立ち向かおうと呼びかけます。
戦いの直前、シャオマンはホーシェンにこっそり本音を打ち明けます。自分でもなぜこんなことを言うのか分からないと前置きしながら、家族がいないからといって誰も気にかけていないなんて思わないでほしいと。あまりの恐怖に、普段は言えない言葉がつい口から出てしまったのでした。
怖がるなとは言ったけど……それが無理だってことくらい、私にも分かってる。
— ホーシェン
9. 川辺の沈黙、そして二度と戻らなかった人々
怪物の群れの中、長らく川辺でひとり暮らしてきた無口な木こりが、斧一本で持ちこたえています。シャオマンは危険を顧みず彼のもとへ駆けつけ、笛を吹いてみせます。
木こりは最後の力を振り絞ってシャオマンを守り抜きますが、限界に達した彼を始祖が押しとどめて救い出し、娘のためにも生きて帰るようにと諭します。かつて娘を残してこの川辺にとどまることを選んだ父親だったという事実は、結局誰にも語られることはありませんでした。
同じ頃、コアの中では万侍郎がひとりで装置を食い止めていました。二度と外に出ることはありませんでしたが、彼が抱いていた「万里都市」の夢だけは、シュウが代わりに受け継ぎました。
10. 広がることのなかった凧、それでも生き延びる
いまだ怪物の間に取り残された試験農地の人々を救うため、ホーシェンとズオ・ラウは崩れ始めたセクターの隙間を駆け抜けます。ズオ・ラウは人をひとりずつ抱えては、裂けた隙間を跳び越えていきます。
最後の瞬間、ホーシェンは大きな怪我を負います。それでも自分の研究資料が入った天使衣を凧に変え、ズオ・ラウひとりを空へと送り出します。
ずっと嫌味ばかり言ってきたけど、あなたは本当はいい奴よ。
— ホーシェン
ひとり残されたホーシェンの前に怪物が押し寄せてきます。幸い彼女を救ったのは、シャオマンが育てていたストックビースト、「もふもふ」でした。
11. 神様は、最後に目を閉じて人間になる

シュウは怪物の根源である「歳」の意識の中へと自ら足を踏み入れます。千年もの間この土地の恐怖を代わりに背負い続けてきたその幼い影に、世界は怖い場所ではないのだと、静かに語りかけるためでした。
あなたは怖がっているのね。本当に生きたことがないから。
— シュウ
シュウの言葉が終わると空は晴れ渡り、コアの暴走も止まります。ズオ・ラウとホーシェンは崩れゆく移動セクターの中で互いを押し上げ、どうにか生きて戻ってきます。
ホーシェンは、あれほど探し求めていた源石耐性の稲、「ワンチィン」が生き残ったことを確認します。しかし肝心の、その稲を共に育ててきたシュウの姿は、天災が終わって以来、大荒城のどこにも見当たりませんでした。

エピローグ. 誰も彼女を覚えていなかった
天災が過ぎ去った後、シュウは記憶を失ったまま見知らぬ村で目を覚まします。稲作について何でも知っているこの「先生」をホーシェンは不思議に思いますが、当の本人でさえ、自分が何者なのか分かりません。
一方シーは筆を置いて静かに姿を消します。千年という長い時間はまるで夢のようだった、あなたたちがいてくれたから孤独ではなかった、という言葉だけを残して。

ジーは千年かけて織り上げた布を携え、大荒城を去っていきます。この布には大荒城だけでなく、炎国各地の歴史と人々の想いが糸として織り込まれていました。彼が会いに向かうのは、長らく身を隠して碁ばかり打っていた次男でした。

ニェンとシーが力を合わせてジーを追い詰めますが、彼は結局無事に逃げおおせます。そしてその瞬間、長らく噂だけで語られてきた次男「碁打ち」のウァンが、初めてシュウの前に姿を現します。
突き詰めれば、この件は千年前から始まっていたのだ。
— ウァン
ウァンは、自分が狙っているのはこの世界全体のための「大きな利益」なのだと語ります。シュウは止める代わりに、種を一握り差し出します。本当に正しい道を歩んでいるのなら、この種もいつか芽を出すはずだからと。
旅立つ前、シーは兄弟姉妹ひとりひとりに似合いそうな風景を描いてあげます。国境を守る長兄、自由奔放な詩人の姉、桑の道を渡り歩くニェン、そしてすでにこの世を去った姉にまで。
そしてシュウには、すでにそう生きている今の姿そのままを残していきます。
これが「人間」の暮らしというものですか? 何だか……楽しいですね。
— ジー
ズオ・ラウも少し変わっていました。父から復職の知らせを受け、次の任務は代理人との接触が多い「ロドスアイランド」の視察だと告げられます。以前のように怯えて急ぐ代わりに、今回は淡々と荷物をまとめるのでした。
たとえ「敵」であっても、測り知れないわけではありません。恐れる必要はないのです。
— ズオ・ラウ

私たちはどこから来て、死んだらどこへ行くのでしょうか。大地から育ち、また大地へ還るという昔からの言い伝えのように、シュウは今、名前も顔もないままこの土地の一部へと還っていきました。
大荒城の人々は今も毎年夏になると、神農を称える祭りを開いています。ただし今回の収穫からは、源石に強い稲もあわせて祭壇に供えられます。神が去った場所に、人が植え、人が収穫した実りが代わりに置かれるようになったのです。