テラという世界には「天災」が周期的に襲来します。天災が過ぎ去った跡には源石が残り、その鉱物に長く触れた人は鉱石病にかかり、感染者になります。
ロンディニウムを呑み込んだ長い戦争が終わりを迎えつつあります。テレジアは融合宇宙で数多の魂と共に消えゆきながら、兄テレシスに「最初の源石」——アムナナムを残しました。
この物語は、その源石を手にした者の最期から始まります。そして万年前、一隻の船が眠っていた宇宙のどこかから。

1. 王座の上の最期
テレシスはアムナナムを抱えて聖王宮地下の謁見室へ戻ります。しかし彼の体はすでに融合宇宙の無秩序な情報に蝕まれ、徐々に源石へと変わりつつありました。
彼はケルシーと博士、アーミヤ、そして弟子のアスカロンの前で最後の意志を明かします。ここのすべてを埋葬し、アムナナムをカズデルへ送り返して、サルカズが初めて自らの運命を自分の手で握れるようにするのだと。

源石が彼の手も目も、思考さえも支配し始めます。最後の理性で剣を振り上げた瞬間、煙の中からアスカロンの暗殺剣が彼の心臓を貫きます。
彼を王座に座らせたのは、最後まで連れて行こうとしていた弟子でした。テレシスは古い借りをこれで返したと言い、アムナナムをカズデルへ持っていけとアスカロンを押し出します。
私は残る。サルカズに、私の最期を……知らせるな……
— テレシス
ヴィクトリアの古びた玉座の上で、サルカズ摂政王は一人自らの宿命を受け入れます。頭上ではヴィクトリア人の勝利の歓声が聞こえ、公式の記録には彼はただ「行方不明」として残ります。
息絶えようとする彼は最後に博士を嘲笑います。お前は何も分かっていない、いつか真の怪物は自分自身なのだと気づく日が来るだろうと。それでも彼は自分が持っていたアスカロンの石刀を博士の前に投げ渡し、お前には俺の最期を見届ける資格はないと追い出します。
彼が融合宇宙の情報の海の深くで出会った存在がいました。目覚めようとしていた源石の創造主です。彼女はサルカズを「計画になかった誤り」、源石に最もひどく汚染された種と呼びます。
テレシスは屈しません。反逆者はテレジアが最初ではなく、自分が最後でもない、誰もサルカズの運命を弄べなくなるまで、誰かが常にお前の前に立ちはだかるだろうと剣を振るいます。そうして彼は創造主への最後の裁きを刻みつけ、情報の海に沈んでいきます。

2. 死の後に目覚めた少女
時を遡り、ロンディニウム戦争の真っ只中。敬虔なカウトゥス感染者のヒルダは、自分の体が崩壊していく中でも人を救い、また救います。結局彼女もまた、瓦礫の中で崩れ落ちます。
ところが死の瞬間、誰かが彼女の砕けそうな手を掴みます。再び目を開けたとき、ヒルダは見たこともない巨大な船の上にいました。
そこはすでに死んだ惑星の軌道を回る船でした。屈光者と呼ばれる機械生命体と、破滅を淡々と受け入れる存在たちが彼女を迎えます。

ヒルダは衝撃を受けます。司教の祖父が語った楽園は存在せず、神さえも破滅の前には死ぬのだと知ってしまったのですから。彼女は自分を救ったこの船の主、言語学者プリステスを探し始めます。
船で出会った「幽霊」は、惑星を呑み込みながら生きてきた種族の最後の生存者でした。彼さえも、本当の破滅が訪れたときは何もできなかったと淡々と語ります。永遠の国も、果てなき楽園もなく、知性を持つ生命さえ宇宙にとってはちっぽけなものなのだと。
死を新しい環境へ向かう道としか見ていなかったヒルダも、ここで問いかけます。源石がもたらした苦痛は本当に消せないのかと。しかしその答えを知る者は誰もいませんでした。
この船の名を、そこの人々は自分たちの言葉でこう呼びます。「ロドス・アイランド」。
3. 三年後、散らばる人々
ロンディニウム事件が終わって三年。ロドス・アイランドの指揮システムPRTSに、原因不明のエラーが頻発するようになります。ケルシーはこれが船の深部、封印区域「アビス」と関係していると直感します。
ケルシーは万一に備えて本船を丸ごと再編することにします。オペレーターたちは一人また一人と各地の事務所へ派遣され、本船はどんどん空っぽになっていきます。
ウォーミーは料理で鉱夫たちの腹を満たすと旅立ち、ズィマー一行は恐れを抱きながらも故郷ウルサスへ向かいます。ケオベは去る者たちのためにクッキーをたくさん焼きます。静かな別れの日々です。
ケルシーはヴィクトリアへ去るフォリニックに静かに言い聞かせます。恐れを無理に抑え込もうとするなと、あなたに自分の母や私の姿を期待したことは一度もないのだと。ただこの部屋に初めて入ってきたときの笑顔を忘れないでほしいと。
医療部には特別な患者、クロエがいます。彼女の鉱石病は不思議なことに、感染が深まるほど体は健康になり、代わりに苦痛は大きくなります。源石が何か変化しているという最初の兆候でした。

4. 黒き王冠の向こう
ケルシーが残した手がかりを追い、アーミヤと博士は黒き王冠——「文明の存続」の中へ意識を共に潜らせます。テレジアの導きを受け、テラが届き得る知識の「境界」を越え、その向こうの特異点へ。

その道の途中、二人は博士の失われた過去を垣間見ます。幼い頃、博士が採掘坑でアーミヤに語っていた星の物語——源石虫の卵嚢に似た乗り物、星と星の間の丸木橋の話が、実際にあったことだったのだと。
アーミヤは、その話を忘れまいと必死だったのだと告白します。それは博士が自分にくれた贈り物であり、二人の過去だったのですから。
今度は、一緒に見たんですね。私も、博士も、消えていた人生を再び知ることができました。
— アーミヤ

特異点は前時代の記憶を吐き出します。宇宙を漂っていた文明、迫りくる破滅「それ」に立ち向かっていた人々、そして博士のそばを守っていた言語学者プリステスを。
そのときプリステスは博士に言いました。神を説明する言語を作り出せるなら、それは私たちが神を理解できるという意味ではないかと。二人はその究極の問いを解くため、共に源石を作り出しました。
博士のかつてのコードネームは「預言者」でした。源石は次の文明を導く贈り物であってほしいという思いから生まれましたが、それに伴う鉱石病の苦痛だけは誰も予想していなかったものでした。博士はその中から、源石結晶に対処する技術の糸口を掴み取ります。
5. 目覚める船
博士一行が意識の深淵に入っている間、ロドス・アイランドが——船そのものが目覚めます。PRTSはすべてのアクセスを遮断し、船のあらゆる施設を掌握します。
廊下は迷路のように歪み、源石で形作られた結晶の敵が絶えず湧き出ます。本船は自ら航路を変え、巨大な鉱脈へ向かって暴走し始めます。
散らばったオペレーターたちは通信すら途絶えたまま戦います。マントラがアーツで皆の声を繋ぎ、レイディアンが仮設通信網を築くことで、ロドス・アイランドはかろうじて再び一つにまとまります。
PRTSに汚染され暴走していたロボットたちを、思いがけずプレストンが救い出します。自分の核心コードで彼らの汚染された部分を上書きし、その間、自分の夢——娘の結婚式を彼らと分かち合いながら。俺たちは同じ境遇だと、ぶつくさ言いながらも手を差し伸べます。
6. ケルシーが払った代償
ケルシーは船の最も深い場所、博士の石棺の前に立ちます。かつて彼女が眠っていた希望を目覚めさせ、消せない痛みを得た、まさにその場所です。

ケルシーは石棺に自分の体を繋ぎ、PRTSのインターフェースになることにします。その代償として、彼女は自分の命の半分を切り離さねばなりませんでした。今まで彼女に無限の命を与えてきた循環システムを断ち切らねばならなかったのですから。
その瞬間、万年以上続いてきたMon3trとの繋がりも完全に断たれます。Mon3trが初めてケルシーを失います。それでもケルシーはテラのすべてと繋がり、散らばった仲間たちの目となります。
私の目標はテラの遥か彼方にあるんじゃない。その人はまさにここに、私のそばにいる。
— ケルシー
石棺の外で、Mon3trは混乱と悲しみが入り混じった鳴き声を上げます。万年続いてきた繋がりが断たれた今、Mon3trは自ら判断し動かねばなりません。ケルシーが最後に残した命令はただ一つでした。何があっても博士とアーミヤを守れというもの。
7. AMa-10という名
石棺はケルシーに最後の真実を渡します。ケルシーはもともと前時代に「預言者」——博士が作った機械生命、AMa-10でした。循環構造のおかげで死なない体を得たのです。

博士はいつかこの機械生命に本当の名前を付けました。光が結晶の中で二方向に屈折する鉱物、方解石。Calcite——ケルシーと。Mon3trと成した双生の循環構造が、その二人に死なない命を与えたのです。
預言者は、文明の発展に介入するのが傲慢だと知りながらも、最後の機会だと思い、ケルシーにこの大地の生命を守ってほしいと頼もうとしました。しかしすぐにその言葉を撤回します。代わりにただ一つだけ残します。使命ではなく、自由を。
そして博士は彼女に使命の代わりに自由を残しました。自ら生命の意味を見つけ、希望と未来を探せと。ケルシーはその言葉を生涯の目標とし、この大地の生命を守り続けてきました。
8. 「彼女」
天災の雲が折り畳まれるように消え去り、源石が甲板全体を覆います。その上に、白い上着をまとった女が降り立ちます。源石を創造した前時代の言語学者、プリステスです。
彼女は博士を旧友として扱い、共に源石でテラを同化させ「私たちだけの世界」を作ろうと手を差し伸べます。記憶を失った博士が自分のもとへ戻ってくることだけを願いながら。
博士が本能的に一歩踏み出そうとした瞬間、ケルシーがその腕を掴みます。しかし彼女は答えを強要せず、最後には手を放して博士に選択を委ねます。
そしてケルシーがプリステスの前に立ちます。ケルシーはプリステスの覚醒室にあらかじめ罠を仕込んでいました。目覚めて肉体を持った以上、プリステスはもう源石の情報の海へ戻れない、ただの人間にすぎないのだと。
プリステス、あなたはテラの創造主じゃない。この大地のすべての生命は、あなたの意志に従う義務なんてない。……これが私の復讐であり、最後の抵抗よ。
— ケルシー
ケルシーは自分をロドス・アイランドの医師であり、博士とアーミヤの仲間だと宣言し、プリステスをテラのすべての生命の敵と呼んで、Mon3trに命令を下します。
最初に倒れたのは源石で形作られた身代わりでした。本物のプリステスが再び現れ、ケルシーの抵抗をちっぽけな「エラー」と呼んで彼女を消そうとします。そのとき、博士とアーミヤが特異点から持ち帰ったあの公式が輝きを放ちます。
アーミヤはロゴスが教えてくれた方法でその公式をアーツに織り込み、プリステスの源石支配を一時的に弱めます。テレジアの助けまで借りて、自分の限界を超えながら。おかげでアビスに突入したオペレーターたちも結晶の敵を押し返し始めます。
しかしプリステスはすべての源石を操る存在。彼女の結晶の枝が博士とアーミヤを襲うその刹那、ケルシー——Mon3trが体でその前に立ちはだかります。

ケルシーの右肩にあった小さな源石の結晶——彼女が人間として生まれた証であり、命を奪う根源でもあったそれが広がっていきます。彼女の体はたちまち結晶となって砕け、風に散っていきます。
強ければ強いほど、より脆い。長生者の命はそうして終わります。彼女はすでに自分の約束を果たしていました。博士とアーミヤを守るという、あの約束を。
9. 失われた方舟
プリステスは一旦退きましたが、消えたわけではありません。オペレーターたちがPRTSの核心データを持ち出し、かろうじて撤退する間に、ロドス・アイランドは丸ごと源石に封印されてしまいます。

今回の事故の唯一の死者はクロエでした。彼女は自分の体に自ら傷をつけ、源石の変化を明らかにするデータを残しました。その研究が結晶の敵を打ち破る鍵となりました。
ケルシーが前もって買っておいたブッチャート近くの移動セクターへ人々は移っていきます。以前の船より広く、より「アイランド」らしいのですが、いつも作戦が終わった後に傷ついた者たちの世話をしてくれたあの人の空席に、誰も慣れることができません。クローザーはケルシーが残した荷を代わりに背負うことにします。
ワルファリンはクロエと共著した論文を発表し、あの子を長く記憶に留めさせると約束します。ロドス・アイランドがなぜ存在するのか——絶望の中の人に希望を与えるためなのだと、クロエが再び気づかせてくれたのですから。
エピローグ——自らを選ぶ
一か月後、森の中に置かれた黒き結晶の繭が育ち、割れます。その中から、ケルシーのすべての記憶を宿しながらも、もはや自由な存在が歩み出ます。
それはもはやAMa-10の宿命を背負う媒体ではありません。「ケルシー」という名は彼女だけのものだと返し、博士が付けてくれた名を自ら選びます。Mon3trと。
ケルシーが残したメッセージが彼を見送ります。使命ではなく自由を受け継げと、自らこの大地への答えを——それが希望であれ破滅であれ——探し求めよと。そうしているうちにMon3trは、ケルシーが残した膨大なデータの中に一つの可能性を見つけます。ケルシーを、再び連れ戻せるかもしれないということを。
一方ヒルダは、神々の船の上で、死が定められていても恐怖の中で生きる必要はないのだと学びます。そしてプリステスの手を取り、故郷テラへ帰ることにします。
戻ってきたヒルダは、崩壊寸前の感染者に手を当ててその苦痛を取り除き、源石の拡散を止めてやります。自分でも理由が分からないままに。終わりが定められていても恐怖の中で生きる必要はないのだと同胞たちに伝えるため、彼女は再び人を救う旅に出ます。
アーミヤはケルシーに交わした約束を胸に刻みます。ロドス・アイランドの使命が終わるまでは泣かないと。それでも本当に、ケルシー先生に会いたいと小さく呟きます。博士はそんなアーミヤをそばで支えます。
封印されたアビスの奥深くで、プリステスはより大胆な手段を考えています。拡散が予想より遅いので、「コロッサル巨大鉱脈」を次の計画に使おうとしながら。そしてカズデル国境のどこかで、あるサンクタの光輪が狂ったように暴れています。源石の新時代が、静かに扉を叩いていました。
創造主に道具として生まれた存在たちが、それぞれ与えられた使命を下ろし、「自分」を選びました。テレシスはサルカズの運命を、ケルシーは最後の約束を、Mon3trは自由を、ヒルダは帰郷を。方舟は崩れ落ちましたが、前へ進めというその声だけは、最後まで残りました。